- Ngày 26/11/1996 theo QĐ số 5609/QĐ-UBT của Chủ tịch UBND Tỉnh Đồng Nai, Công ty Dược phẩm Đồng Nai hình thành trên cơ sở hợp nhất từ Công ty Dược phẩm Đồng Nai và Công ty Dược và Vật tư Y tế Đồng Nai, chính thức hoạt động từ ngày 01/01/1997
- Ngày 07/07/2005 theo QĐ số 2489/QĐ-UBND của Chủ tịch UBND Tỉnh Đồng Nai, chuyển giao Công ty Dược Phẩm Đồng Nai thuộc UBND Tỉnh cho Công ty Chế biến Xuất nhập khẩu nông sản thực phẩm Đồng Nai là Công ty mẹ và Công ty Dược phẩm Đồng Nai được tổ chức thành công ty con kể từ ngày 01/07/2005.
- Ngày 06/09/2005 của Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai phê duyệt phương án và chuyển doanh nghiệp Nhà Nước thành CTCP
- Theo thông báo ngày 19/12/2005 của CTCP Dược Đồng Nai, Công ty Dược phẩm Đồng Nai chuyển thành CTCP Dược Đồng Nai kể từ ngày 01/01/2006.