Báo cáo cho biết, tổng mức đầu tư ban đầu của dự án (được phê duyệt tại Quyết định số 3136/QĐ-BGTVT ngày 15/10/2008 là 8.769,965 tỷ đồng – tương đương 552,86 triệu USD). Cơ cấu nguồn vốn, gồm vốn vay Trung Quốc, trong đó vốn vay tín dụng ưu đãi: 1,2 tỷ NDT (tương đương 169 triệu USD), lãi suất 3%/năm, các khoản phí và bảo hiểm, thời hạn vay 15 năm (5 năm ân hạn); vốn vay ưu đãi bên mua: 250 triệu USD, lãi suất 4%/năm, các khoản phí và bảo hiểm, thời hạn vay 15 năm (5 năm ân hạn).

Vốn đối ứng của Việt Nam là 133,86 triệu USD. Sau đó dự án đã được điều chỉnh tổng mức đầu tư (phê duyệt tại Quyết định 513/QĐ-BGTVT ngày 23/2/2016) là 18.001,597 tỷ đồng (tương đương 868,04 triệu USD), tăng 9.231,632 tỷ đồng (tương đương 315,18 triệu USD).

Trong đó vốn vay của Trung Quốc là 13.867,198 tỷ đồng (tương đương 669,62 triệu USD) tăng 7.220,6 tỷ đồng (tương đương 250,62 triệu USD), gồm: vốn vay tín dụng ưu đãi: 1,2 tỷ NDT (tương đương 169 triệu USD), vốn vay tín dụng ưu đãi bên mua (250 triệu USD), vốn vay bổ sung từ nguồn tín dụng ưu đãi (1,678 tỷ NDT – tương đương 250,62 triệu USD).

Phần vốn đối ứng của Việt Nam là 4.134,399 tỷ đồng (tương đương 198,42 triệu USD), tăng 2.011, 031 tỷ đồng.

Theo báo cáo, dự án đã ký 3 hiệp định vay vốn với tổng số vốn vay là 669,62 triệu USD, trong đó hiệp định số 1 (GCL No.(14) Total No.(223) ký ngày 22/10/2008 có tổng số vốn vay là 1,2 tỷ NDT tương đương 169 triệu USD; hiệp định số 2 (PBC No.2009 (24) Total No. (86) ký ngày 8/11/2009 với tổng số vốn vay là 250 triệu USD; và hiệp định số 3 (GCL No.2017 (24) Total No. (629) ký ngày 11/5/2017 có tổng số vốn vay bổ sung là 250,62 triệu USD.

Hiệp định vay vốn bổ sung được Bộ Tài chính và Ngân hàng xuất nhập khẩu Trung Quốc ký kết tuy nhiên do chưa thống nhất "ý kiến pháp lý" – là điều kiện để khoản vay có hiệu lực, nên không giải ngân được.

Đến 28/12/2017, hiệp định vay bổ sung 250,62 triệu USD mới chính thức có hiệu lực tại văn bản thông báo ngày 28/12/2017 của Ngân hàng Xuất nhập khẩu Trung Quốc. Đến 28/4/2018, dự án mới được Ngân hàng giải ngân lần đầu của hợp đồng vay bổ sung.

Đáng chú ý, báo cáo cho biết, lũy kế giải ngân từ đầu năm 2019 đến nay, vốn ODA mới đạt 4,64/36,78 triệu USD (khoảng 12,62% kế hoạch năm 2019); vốn đối ứng: 107,315/332,871 tỷ đồng (khoảng 32,24% kế hoạch vốn năm 2019). Lũy kế giá trị giải ngân từ đầu dự án đến nay: vốn ODA là 518,89/669,62 triệu USD (khoảng 77,49%); vốn đối ứng: 3.196,011/4.134,399 tỷ đồng (khoảng 77,3%).

Báo cáo của Chính phủ cũng cho biết, dự án đường sắt Cát Linh - Hà Đông từ khi khởi công đến nay gặp nhiều khó khăn, như công tác giải phóng mặt bằng chậm kéo theo khảo sát, thiết kế, thi công và điều chỉnh dự án chậm; quy định của Việt Nam về hình thức hợp đồng EPC chưa rõ ràng, có nhiều khác biệt với thông lệ quốc tế nên hợp đồng EPC ký kết ban đầu chưa hoàn chỉnh, thiếu chặt chẽ, chưa đúng với bản chất hợp đồng EPC.

Dự án được sử dụng nguồn vốn ODA của Trung Quốc, có tính chất đặc thù, kỹ thuật cao, công nghệ hoàn toàn mới và lần đầu tiên áp dụng ở Việt Nam nên phía Việt Nam chưa kiểm soát được kỹ thuật công nghệ. Ngoài ra, thủ tục bổ sung hiệp định và hiệu lực hiệp định kéo dài; các cơ chế, chính sách, quy định của pháp luật về đơn giá, định mức có nhiều thay đổi và chưa ban hành kịp thời.

Mặt khác, quá trình thực hiện dự án của tổng thầu còn bộc lộ nhiều hạn chế trong chỉ đạo, điều hành và quản lý, phụ thuộc nhiều vào các đơn vị liên kết; chưa thực hiện các yêu cầu của chủ đầu tư nên thường xuyên chậm trễ hoàn thành các hạng mục theo mốc tiến độ đã cam kết.

"Dưới sự chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải đã rất nỗ lực, quyết tâm cao độ để chỉ đạo tổng thầu EPC đẩy nhanh tiến độ thi công. Tuy nhiên, do một số vướng mắc như trên đã làm ảnh hưởng đến tiến độ thi công của dự án và dẫn đến tiến độ thực hiện dự án thời gian qua chưa đáp dứng yêu cầu", báo cáo cho hay.