- Tiền thân là Xí nghiệp Vận tư giao thông vận tải trực thuộc Sở Giao thông vận tải Hà Nội.
- Ngày 10/05/1988, Xí nghiệp Vận tư GTVT được đổi tên thành Xí nghiệp Dịch vụ GTVT.
- Ngày 29/04/1991, UBND Thành phố Hà Nội ban hành Quyết định số 776 UB/QĐ về việc thành lập Bến xe Phía Nam trên cơ sở sáp nhập bến xe Kim Liên thuộc Xí nghiệp Bến xe vào Xí nghiệp dịch vụ GTVT.
- Ngày 24/02/1992, UBND Thành phố Hà Nội ban hành Quyết định 343 QD/UB về việc sáp nhập 2 đoàn xe Kim Liên và Kim Mã vào Bến xe Phía Nam thành Công ty VTHK Phía Nam Hà Nội.
- Ngày 25/05/1996, UBND TP.Hà Nội ban hành Quyết định số 1818/QĐ-UB về việc đổi tên và điều chỉnh nhiệm vụ của Công ty VTHK phía Nam Hà Nội thành Công ty Quản lý bến xe Hà Nội với vốn điều lệ là 9.8 tỷ đồng.
- Ngày 14/05/2004, UBND TP.Hà Nội ban hành Quyết định số 72/2004/QĐ-UB về việc thành lập TCT Vận Tải Hà Nội và Công ty Quản lý bến xe Hà Nội được chuyển về thành công ty con trực thuộc TCT Vận tải Hà Nội.
- Ngày 13/07/2010, Công ty chuyển đổi thành công ty TNHH MTV Bến xe Hà Nội với vồn điều lệ 30 tỷ đồng theo quyết định số 3458/QĐ-UBND của UBND TP.Hà Nội.
- Ngày 23/01/2014, Công ty thực hiện việc đấu giá bán cổ phần tại Sở giao dịch chứng khoán Hà Nội.
- Ngày 23/04/2014, UBND TP.Hà Nội ban hành Quyết định số 2208/QĐ-UBND về việc chuyển Công ty TNHH MTV Bến xe Hà Nội thành CTCP Bến xe Hà Nội.
- Ngày 05/05/2014, Công ty chính thức chuyển đổi sang hoạt động dưới hình thức CTCP và tăng vốn điều lệ lên 95 tỷ đồng.
- Ngày 08/10/2015: Cổ phiếu công ty được chấp thuận đăng ký giao dịch trên UPCoM với mã chứng khoán là HNB.
- Ngày 22/10/2015: Ngày giao dịch đầu tiên của HNB trên UPcoM với giá đóng cửa cuối phiên là 12,000 đồng/CP
