- Ngày 27/02/2001: Bộ Y tế đã có Quyết định số 603/2001/QĐ-BYT ngày 27/02/2001 về việc thành lập doanh nghiệp Nhà nước với tên gọi là Công ty Vắc xin và Sinh phẩm số 2 trực thuộc Viện Vắc xin và Sinh phẩm Y tế và chịu sự chỉ đạo trực tiếp của Viện trưởng Viện Vắc xin và Sinh phẩm Y tế;
- Năm 2009: Bộ Y tế có Quyết định số 72/QĐ-BYT ngày 09/01/2009 tách Công ty Vắc xin và Sinh phẩm số 2 trực thuộc Viện thành doanh nghiệp Nhà nước độc lập trực thuộc Bộ Y tế;
- Tháng 08/2011: Công ty được chuyển thành Công ty TNHH MTV Vắc xin và Sinh phẩm Nha Trang theo Quyết định số 2329/QĐ-BYT ngày 30/06/2010 của Bộ Y tế;
- Ngày 17/05/2017 CTCP Vắc xin và Sinh phẩm Nha Trang được cấp Giấy Chứng nhận Đăng kí kinh doanh với vốn điều lệ là 85.62 tỷ đồng
- Ngày 30/08/2018, là ngày giao dịch đầu tiên trên sàn UPCoM với giá tham chiếu 10,000 đ/CP.