- Tháng 08/1975: Tiền thân Công ty là Cục Đường sông Miền Nam thành lập.
- Năm 1996: Thành lập TCT Đường sông Miền Nam hoạt động theo mô hình TCT 90.
- Ngày 26/05/2003: Tổng Công ty Đường sông Miền Nam được chuyển sang tổ chức và hoạt động theo mô hình Công ty mẹ - Công ty con.
- Ngày 04/07/2008: Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 854/QĐ-TTg về việc phê duyệt phương án cổ phần hóa Tổng công ty Đường sông Miền Nam. .
- Ngày 09/06/2009: Chính thức chuyển đổi thành Tổng công ty Cổ phần Đường sông Miền Nam với vốn điều lệ ban đầu 671 tỷ đồng.
- Tháng 03/2016: Tổng Công ty đã chuyển đổi cơ cấu cổ đông từ sở hữu Nhà nước chiếm đa số sang loại hình doanh nghiệp không còn vốn sở hữu Nhà nước.
