- Tiền thân là Công vụ đoạn Việt Trì thành lập ngày 22/12/1955 theo QĐ của Tổng cục Đường sắt 2127/QĐ-ĐS.
- Tháng 05/1965: Tổng cục đường sắt ban hành QĐ số 1119Q Đ/TC thành lập 7 Đoạn quản lý Đường sắt. Công vụ đoạn Việt Trì đổi tên là Đoạn Quản lý đướng sắt 6, phạm vi quản lý bao gồm: Đường Việt trì - Yên Viên - Thái Nguyên.
- Ngày 20/03/2003: Xí nghiệp QLĐS Vĩnh Phú đổi tên thành CT QLĐS Vĩnh Phú.
- Từ tháng 06/2010 chuyển thành Ct TNHH MTV QLĐS Vĩnh Phú.
- Tháng 12/2010: Vốn điều lệ 12.29 tỷ đồng.
- Ngày 30/10/2015: được Bộ GTVT phê duyệt phương án cổ phần hóa thành CTCP Đường sắt Vĩnh Phú.
- Ngày 02/12/2016: giao dịch đầu tiên trên sàn UPCoM với giá tham chiếu 10,000đ /cp.