Nhà máy được vận hành chính thức vào năm 2012, tuy nhiên từ đó đến nay nhà máy luôn rơi vào thua lỗ nặng. Trong đó năm 2012 lỗ 75 tỷ đồng, năm 2013 lỗ trên 759 tỷ đồng, năm 2014 ước lỗ trên 500 tỷ đồng, năm 2015 lỗ trên 592 tỷ đồng. Lỗ lũy kế tới nay lên tới trên 3.058 tỷ đồng.

Gói thầu chính của dự án là gói thầu số 5 (EPC) được thực hiện theo hợp đồng EPC số 628 từ năm /2007 giữa Vinachem và Tổng công ty thiết kế và thầu khoán Hoàn Cầu (HQC) Trung Quốc. Thời gian thực hiện hợp đồng là 42 tháng. Chủ đầu tư tạm thời tiếp nhận nguyên trạng và quản lý, vận hành nhà máy từ nhà thầu HQC kể từ tháng 9/2012.

Tuy nhiên, đến nay việc quyết toán gói thầu EPC vẫn chưa được thực hiện do nhà thầu không phối hợp để giải quyết tồn tại như chi phí than cho việc chạy thử vượt hợp đồng, chi phí chạy thử lần hai; Việc thanh toán và phạt chậm thanh toán; Tiến độ thực hiện hợp đồng, hoàn thiện hồ sơ máy móc, thiết bị, vật tư nhập khẩu theo hợp đồng, bàn giao hồ sơ hoàn công và hồ sơ gốc CO, CQ; Lập hồ sơ quyết toán A-B.

Về bài toán hóc búa này, Vinachem đã phải gửi văn bản sang nhiều bộ ngành xin ý kiến trong việc lập quyết toán hợp đồng EPC của dự án Nhà máy Đạm Ninh Bình.

Bộ Tài chính cho rằng trường hợp dự án đầu tư sử dụng vốn nhà nước và nộp hồ sơ quyết toán dự án hoàn thành về cơ quan thẩm tra quyết toán từ ngày có hiệu lực của Thông tư số 64 thì thuộc đối tượng thực hiện của thông tư này.

Theo khoản 4, điều 1, Thông tư 64 thì sau khi chủ đầu tư gửi văn bản lần thứ 3 (cách nhau 10 ngày) đến nhà thầu nhưng nhà thầu vẫn không thực hiện nội dung theo yêu cầu, chủ đầu tư được căn cứ những hồ sơ thực tế đã thực hiện để lập hồ sơ quyết toán (không bao gồm quyết toán A-B), thuê kiểm toán độc lập thực hiện kiểm toán, xác định giá trị để nghị quyết toán trình cấp có thẩm quyền kiểm duyệt và ghi rõ nội dung về việc nhà thầu không hợp tác để quyết toán dự án hoặc thực hiện các nội dung công việc để hoàn thành quyết toán dự án trong tờ trình đề nghị phê duyệt quyết toán của chủ đầu tư.

Bộ Tài chính cho rằng, Vinachem đã xin ý kiến Bộ Xây dựng về lập bản vẽ hoàn công và quyết toán dự án theo hướng thuê đơn vị tư vấn lập và Ban quản lý dự án ký, Bộ Xây dựng đã có ý kiến đề xuất trên là không đủ cơ sở pháp lý theo Nghị định số 2019/năm 2004 của Chính phủ về quản lý chất lượng công trình xây dựng.

"Do vậy, hồ sơ thực tế đã thực hiện chưa đủ căn cứ pháp lý để lập hồ sơ quyết toán và không đủ cơ sở pháp lý để chủ đầu tư thực hiện quyết toán theo quy định tại khoản 4, điều 1 của Thông tư 64", Bộ Tài chính cho hay.

Đạm Ninh Bình được chấp thuận đầu tư từ năm 2008 với tổng vốn đầu tư 667 triệu USD. Vốn chủ sở hữu của Vinachem khi đó là 100 triệu USD và được phía Eximbank Trung Quốc đề nghị cho vay 250 triệu USD với lãi suất 4% một năm, với điều kiện ký kết hợp đồng với tổng thầu Trung Quốc.

Dù còn hàng loạt vấn đề không thống nhất tại công trình này, song tính đến 20/12/2016, chủ đầu tư Đạm Ninh Bình là Vinachem đã thanh toán cho HQC 463 triệu USD, số tiền còn lại là 48,8 triệu USD.

Trải qua hơn một thập kỷ xây dựng và vận hành giữa Đạm Ninh Bình và nhà thầu HQC vẫn chưa thể quyết toán, báo cáo cho biết.

Trong báo cáo gần đây, Bộ Công Thương thừa nhận hiện còn nhiều khó khăn, đặc biệt là các vấn đề về xử lý tranh chấp hợp đồng EPC chưa xử lý được, do vậy chưa quyết toán được dự án. Khó khăn về dòng tiền nên chưa đáp ứng được chi phí để sửa chữa, bảo dưỡng và mua vật tư dự phòng dẫn đến hệ thống thiết bị còn nhiều sự cố phải dừng máy dài ngày để sửa chữa, giảm sản lượng sản xuất và cơ hội bán hàng; thiếu cán bộ công nhân lành nghề do điều kiện công ty khó khăn nên nhiều cán bộ công nhân đã chuyển công tác.

Tình trạng này kéo dài sẽ khó bảo đảm mục tiêu xử lý dứt điểm dự án, vận hành ổn định và có hiệu quả nhà máy rồi cổ phần hóa, thoái vốn trong năm 2020. Do vậy, việc xử lý sắp tới theo hướng tập trung xử lý dứt điểm vấn đề tranh chấp hợp đồng EPC để có thể quyết toán hợp đồng EPC và quyết toán toàn bộ dự án. Trường hợp hai bên không thống nhất giải quyết được các vấn đề vướng mắc, cần đưa ra bên thứ ba (cơ quan trọng tài) để phân xử, xác định trách nhiệm cụ thể của các bên.

Thực hiện việc điều tra, truy tố, xét xử nếu thấy có dấu hiệu vi phạm để để xác định rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân vi phạm, đặc biệt là trách nhiệm đối với phần tài sản bị thất thoát, thiệt hại do vi phạm gây ra.

Trên cơ sở kết luận của cơ quan trọng tài về tranh chấp hợp đồng EPC và trách nhiệm các bên trong hợp đồng EPC, kết luận của cơ quan điều tra xét xử về vi phạm và trách nhiệm về thiệt hại do vi phạm gây ra của tổ chức, cán nhân có liên quan trong dự án, để từ đó xác định lại giá trị tài sản Dự án và tiến hành việc cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước khỏi dự án.

Vinachem và HQC đã nhiều lần họp, đàm bán về vấn đề quyết toán và những tồn tại của hợp đồng. Thậm chí, Vinachem từng ra "tối hậu thư" nhưng phía HQC không hồi âm.